El toledano Alfonso X el Sabio, fundador de la Escuela de Traductores de Toledo, ya pensó unir en una Cofradía, a hombres que siguiendo la investigación por trabajo o vocación, llevaran la creencia y la fe arraigada en sus corazones.
Unida a esta idea estarán siempre, en su origen y en su recuerdo, el Ayuntamiento de Toledo y de forma especial los salones que albergaban su Archivo Municipal.
Fue precisamente allí, un 14 de enero de 1984, cuando se encontraban trabajando su directora, Dª Esperanza Pedraza Ruíz y los investigadores D. Gabriel Mora del Pozo y D. Jesús Cobo Ávila, y ante la talla de un Cristo realizada en madera de olivo que el artesano D. Félix Paredes había regalado al Archivo, dónde surgió la idea de fundar nuestra Cofradía que, guardando el estilo y las formas de las antiguas cofradías toledanas, sirviera para hermanar a cuantos investigadores desearan unirse a ella.
El propósito y los fines se resumen en la idea de hermanar a los investigadores de cualquier rama de la ciencia y de las artes en un ideal de ayuda mutua y respeto a todas las ideas humanistas, teniendo en cuenta que, aunque de condición Católica, su espíritu fuera ecuménico e interreligioso, encontrándose abierta a todo investigador que se confiese creyente de un solo Dios, único y personal y que practique la religión.
La primera Junta Directiva, formada por ocho investigadores, presentó la nueva Cofradía al Excmo. Sr. Alcalde de la ciudad de Toledo, D. Joaquín Sánchez Garrido y al Emmo. Sr. Cardenal, D. Marcelo González Martín, quienes aceptaron con gran ilusión las ideas fundacionales de la Cofradía y quienes se convertirían en Patronos Civil y Religioso respectivamente.
Ambas personalidades ofrecieron su apoyo incondicional, comprendiendo que algunas de las ideas que inspiraron a sus fundadores, aportarían ventajas a los hombres y mujeres que dedican sus esfuerzos a la tarea investigadora, y a Toledo, ejemplo de ciudad de convivencia de culturas.
El 15 de abril de 1985, la Cofradía era reconocida oficialmente por el Arzobispado, asignando su sede canónica en la Iglesia de San Sebastián. El Ayuntamiento de Toledo, también autoriza la instalación de la sede civil en el Archivo de las Casas Consistoriales.
Como consecuencia de la necesaria adaptación a la normativa estatal, en relación con las disposiciones del Código de Derecho Canónico, hubo que iniciar un proceso de modificación de los estatutos.
El proceso ha culminado con la aprobación por la Asamblea General Extraordinaria de 25 de marzo de 2023, de los Estatutos vigentes, ratificados por Decreto de 3 de octubre de 2023, del Arzobispo de Toledo, Primado de España.